Trường MN Bồng Khê có đủ cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý so với quy định của Điều lệ trường MN. Có hội đồng trường được thành lập theo quyết định của Phòng GD&ĐT Con Cuông, trường có các tổ chuyên môn và tổ văn phòng. Có tổ chức Đảng Cộng sản Việt Nam; Công đoàn; Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh. Cán bộ giáo viên, nhân viên nhà trường luôn chấp hành tốt các chủ trương, đường lối, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước, quy định của các cấp chính quyền địa phương và cơ quan quản lý giáo dục cấp trên. Thực hiện tốt các phong trào thi đua do ngành giáo dục và địa phương phát động.
Nhà trường luôn phấn đấu thực hiện tốt công tác quản lý chuyên môn theo quy định của Bộ GD&ĐT. Thực hiện việc quản lý tài chính, tài sản theo quy định của Nhà nước. Luôn chú trọng công tác bảo đảm an ninh trật tự, an toàn tuyệt đối và chăm sóc sức khỏe cho trẻ, cho CBGV, NV. Tổ chức tốt các hoạt động lễ hội, văn nghệ, thể thao, các hoạt động vui chơi phù hợp với điều kiện địa phương. Các tổ CM và tổ văn phòng của nhà trường thực hiện tốt nhiệm vụ theo quy định của Điều lệ trường Mầm non.